El INM por Decreto de Ley, publicado en el Diario Oficial de la Federación (DOF) el 19 de octubre de 1993, se creó como un Órgano Técnico Desconcentrado, dependiente de la Secretaría de Gobernación (SEGOB), sustituyendo a la Dirección General de Servicios Migratorios, para atender con eficacia los asuntos relativos a la materia migratoria, a través de la planeación, ejecución, control, supervisión y evaluación de los servicios migratorios que presta el Gobierno Federal, así como la atención de los asuntos relacionados con dicha materia en coordinación con las dependencias de la Administración Pública Federal que, por razón de su competencia, concurren en el análisis y el planteamiento de soluciones a los problemas derivados del fenómeno migratorio.
El 1 de noviembre de 1994, la SEGOB, expidió el primer acuerdo por el que se delegaron facultades para autorizar trámites migratorios y ejercer diversas atribuciones previstas en la Ley General de Población (LGP) y su Reglamento en favor de servidores públicos del INM, propiciando con ello que las oficinas desconcentradas del Instituto que estaban asentadas en diversos lugares del territorio nacional, con jurisdicción territorial definida, contaran con facultades de decisión en el lugar donde se generaran las solicitudes, para tener un mejor conocimiento y control de los extranjeros que radicaban en la zona geográfica de su jurisdicción, evitando el centralismo de trámites.
El 8 de noviembre de 1996 se reformaron, adicionaron y derogaron diversas disposiciones de la LGP, estableciendo la obligación a los inmigrantes y los no migrantes a inscribirse en el Registro Nacional de Extranjeros dentro de los treinta días siguientes a las fechas de su internación, así como la expulsión definitiva en los casos en que se atentara en contra de la soberanía o de la seguridad nacional, se penalizó de seis a doce años de prisión a quien introdujera sin la documentación correspondiente a uno o varios extranjeros al territorio mexicano o, con el propósito de tráfico, los albergara o transportara por el territorio nacional, con el fin de ocultarlos para evadir la revisión migratoria.
El 4 de agosto de 1998 se delegaron las facultades para autorizar los trámites migratorios, así como ejercer las diversas atribuciones previstas en la LGP y su Reglamento, en favor del Subsecretario de Población y de Servicios Migratorios y del Comisionado del Instituto Nacional de Migración, y se autorizó al Comisionado la delegación a sus subordinados de las facultades y atribuciones previstas en dicho ordenamiento.
Con fecha 31 de agosto 1998, se publicó el RISEGOB señalando las atribuciones de las Unidades Administrativas del INM, con lo cual se gestionó la aprobación de su estructura orgánica básica, misma que fue aprobada y registrada en septiembre de ese mismo año, por la Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP) y la Secretaría de la Contraloría y Desarrollo Administrativo (SECODAM), quedando conformada por 1 Comisionado, 6 Coordinaciones (1 de Regulación de Estancia, 1 de Control de Migración, 1 de Relaciones Interinstitucionales e Internacionales, 1 de Delegaciones, 1 Jurídica, y 1 de Planeación e Investigación), 1 Dirección de Administración y 16 Delegaciones Regionales: Tijuana, La Paz, Tapachula; Ciudad Juárez; Metropolitana; Acapulco; Guadalajara; Monterrey; Querétaro; Cancún; Villahermosa; Salina Cruz; Hermosillo; Mazatlán; Nuevo Laredo y Veracruz. Con vigencia del 1° de junio de 1999, la SHCP y SECODAM, autorizaron y registraron la modificación de la estructura orgánica del Instituto, la cual consistió en la renivelación y el cambio de denominación de la Dirección de Administración a Coordinación de Administración y la creación de la Unidad de Comunicación Social.
Para el 10 de noviembre de 1999, se publicó en el DOF, el acuerdo donde se establecieron 16 nuevas Delegaciones Regionales: Aguascalientes, Campeche, Coahuila, Colima, Durango, Guanajuato, Hidalgo, Estado de México, Michoacán, Morelos, Nayarit, Puebla, San Luis Potosí, Tlaxcala, Yucatán y Zacatecas, mismas que por falta de recursos presupuestales, se crearon e incorporaron en la estructura orgánica del Instituto hasta julio de 2002. Con vigencia 1° de julio de 2000, la SHCP y la SECODAM autorizaron y registraron la estructura orgánica del Órgano Interno de Control en el INM.
Posteriormente el 30 de julio de 2002, se publicó en el RISEGOB, el cambio de denominación de la Coordinación de Control de Migración a Coordinación de Control y Verificación Migratoria. La SHCP y SECODAM, autorizaron y registraron la modificación de la estructura orgánica, con vigencia 1 de julio del 2002, que implicó la modificación de la denominación de la Coordinación de Control de Migración a Coordinación de Control y Verificación Migratoria, la reubicación de la Dirección de Protección al Migrante de la Coordinación Jurídica a la Coordinación de Delegaciones, la incorporación de los Grupos Beta en la estructura orgánica de las Delegaciones Regionales y la incorporación de 16 Delegaciones Regionales para quedar con un total de 32 Delegaciones Regionales con las siguientes denominaciones: Aguascalientes; Baja California; Baja California Sur; Campeche; Coahuila; Colima; Chiapas; Chihuahua; Distrito Federal; Durango; Guanajuato; Guerrero; Hidalgo; Jalisco; Estado de México; Michoacán; Morelos; Nayarit; Nuevo León; Oaxaca; Puebla; Querétaro; Quintana Roo; San Luis Potosí; Sinaloa; Sonora; Tabasco; Tamaulipas; Tlaxcala; Veracruz; Yucatán y Zacatecas.
El 18 de mayo de 2005, se publicó en el DOF, el ACUERDO por el que se reconoce al INM, como Instancia de Seguridad Nacional. De fecha 31 de mayo de 2007, se publicó en el DOF el Plan Nacional de Desarrollo 2007-2012, el cual contenía los objetivos nacionales, estrategias y prioridades que dirigieron la actuación del Gobierno Federal, estableciendo dentro del Eje 5 “Democracia y política exterior responsable”, promover la corresponsabilidad entre los países que comparten con México flujos migratorios para propiciar el crecimiento económico y el desarrollo social en las zonas más atrasadas y garantizar la protección de los derechos de los migrantes, asimismo en la estrategia 10.5 se propuso impulsar la calidad en los servicios migratorios con base en el fortalecimiento de la coordinación interinstitucional a través del Instituto Nacional de Migración, la modernización de la infraestructura y la dignificación de las estaciones migratorias y fortalecer el control de entradas y salidas de las personas, así como de la estancia legal en el país de los migrantes. Con vigencia 1 de junio de 2008, la Secretaría de la Función Pública (SFP), aprobó y registró la estructura orgánica del INM, que incluyó la creación de plazas de mando, fortaleciendo la estructura no básica en las áreas sustantivas de diversas Delegaciones Regionales y las áreas de apoyo de Oficinas Centrales. A fin de cumplir con los objetivos establecidos en el Plan Nacional de Desarrollo y las estrategias del Programa Sectorial de Gobernación 2007-2012, se modificó la estructura orgánica y ocupacional del Instituto para garantizar la Seguridad Nacional del país y el respeto de los derechos de los migrantes.
Por ello, con vigencia 1 de mayo de 2009, la SFP aprobó y registró la creación de plazas de mando, fortaleciendo las estructuras orgánicas de las Delegaciones Regionales y de las Unidades Administrativas de sector central. La estructura orgánica básica se mantuvo congruente con el RISEGOB, con las siguientes Coordinaciones: Regulación Migratoria, de Control y Verificación Migratoria, de Delegaciones, de Relaciones Internacionales e Interinstitucionales, Jurídica, de Planeación e Investigación, y de Administración, un Órgano Interno de Control y 32 Delegaciones Regionales, además se creó la Dirección General Adjunta del Centro de Evaluación y Control de Confianza, adscrita a la Coordinación de Administración.
Con fecha 25 de mayo de 2011, se publicó en el DOF el decreto por el que se expide la Ley de Migración y se reforman, derogan y adicionan diversas disposiciones de la Ley General de Población, del Código Penal Federal, del Código de Procedimientos Penales, de la Ley Federal contra la Delincuencia Organizada, de la Ley de la Policía Federal, de la Ley de Asociaciones Religiosas y Culto Público, de la Ley de Inversión Extrajera, y de la Ley General de Turismo, correspondiendo a la SEGOB la atribución de formular y dirigir la política migratoria del país y al Instituto Nacional de Migración, la ejecución, control y supervisión de los actos realizados por las autoridades migratorias en territorio nacional.
La entrada en vigor del RISEGOB, a partir del 15 de agosto de 2012, propició modificaciones importantes en materia organizacional, destacando el cambio de denominación de las Coordinaciones por Direcciones Generales, Delegaciones y Subdelegaciones Regionales por Delegaciones y Subdelegaciones Federales así como la incorporación de la Unidad de Operación, la Dirección General de Asuntos Internos y el cambio de adscripción y grupo del Centro de Evaluación y Control de Confianza, dichos movimientos organizacionales se ratificaron en el nuevo RISEGOB publicado el DOF, el 2 de abril de 2013.
La incorporación a la estructura orgánica básica del INM de la Unidad de Operación, la Dirección General de Asuntos Internos y del Centro de Evaluación y Control de Confianza, quedó supeditada a la asignación de recursos presupuestales.
El 4 de abril de 2013, se publicó en el DOF el Acuerdo por el que se determinó la sede y circunscripción territorial de las Delegaciones y Subdelegaciones Federales, Delegaciones y Subdelegaciones Locales del Instituto Nacional de Migración, el cual modificó la denominación de diversos puestos de mando. Con vigencia 16 de noviembre de 2013, la SFP autorizó y registró la estructura orgánica del INM, con lo cual se regularizó el cambio de denominaciones de las Coordinaciones por Direcciones Generales, Delegaciones y Subdelegaciones Regionales por Delegaciones y Subdelegaciones Federales de conformidad con el RISEGOB publicado el 2 de abril de 2013, y ante la falta de recursos presupuestales, no se crearon la Unidad de Operación y la Dirección General de Asuntos Internos, y la Dirección General Adjunta del Centro de Evaluación y Control de Confianza siguió adscrita a la Dirección General de Administración, quedando conformada su estructura básica por 1 Comisionado, 7 Direcciones Generales: de Regulación y Archivo Migratorio; de Control y Verificación Migratoria; de Protección al Migrante y Vinculación; de Coordinación de Delegaciones; Jurídica; de Derechos Humanos y Transparencia; de Tecnologías de la Información y Comunicaciones, de Administración, 1 Órgano Interno de Control y 32 Delegaciones Federales: Aguascalientes, Baja California, Baja California Sur, Campeche, Coahuila, Colima, Chiapas, Chihuahua, Distrito Federal Durango, Estado de México, Guanajuato, Guerrero, Hidalgo, Jalisco, Michoacán, Morelos, Nayarit, Nuevo León, Oaxaca, Puebla, Querétaro, Quintana Roo, San Luis Potosí, Sinaloa, Sonora, Tabasco, Tamaulipas, Tlaxcala, Veracruz, Yucatán y Zacatecas.
Con fecha 31 de mayo de 2019, fue publicado en el DOF el RISEGOB, con lo cual se propició modificaciones en materia organizacional, destacando el cambio de denominación de la Dirección Jurídica de Derechos Humanos y Transparencia por Sub Comisionado Jurídico; la Dirección General de Coordinación de Delegaciones por Dirección General de Coordinación de Oficinas de Representación; Centro de Evaluación y Control de Confianza por Dirección General del Centro de Evaluación y Control de Confianza y de las Delegaciones Federales por Oficinas de Representación, y no se considera a la Unidad de Operación ni a la Dirección General de Asuntos Internos.
Con vigencia 1 de agosto de 2019, la SFP aprobó y registró la transferencia de los puestos de mando, personal de enlace y operativo del Órgano Interno de Control en el INM a la SFP, en cumplimiento a lo estipulado en el Decreto por el que se reforman, adicionan y derogan diversas disposiciones de la Ley Orgánica de la APF, publicado en el DOF el 30 de noviembre de 2018.
Con fecha 16 de septiembre de 2019, la SFP autorizó y registró la estructura orgánica del INM, con lo cual se regularizó el cambio de denominaciones de la Dirección Jurídica de Derechos Humanos y Transparencia por Sub Comisionado Jurídico; la Dirección General de Coordinación de Delegaciones por Dirección General de Coordinación de Oficinas de Representación; Centro de Evaluación y Control de Confianza por Dirección General del Centro de Evaluación y Control de Confianza las Delegaciones Federales por Oficinas de Representación, de acuerdo con el RISEGOB, publicado el 31 de mayo de 2019, quedando conformada su estructura básica por 1 Comisionado, 1 Sub Comisionado Jurídico, 7 Direcciones Generales: de Regulación y Archivo Migratorio; de Control y Verificación Migratoria; de Protección al Migrante y Vinculación; de Coordinación de Oficinas de Representación; de Tecnologías de la Información y Comunicaciones, de Administración, del Centro de Evaluación y Control de Confianza y 32 Oficinas de Representación: Aguascalientes, Baja California, Baja California Sur, Campeche, Coahuila, Colima, Chiapas, Chihuahua, Ciudad de México, Durango, Estado de México, Guanajuato, Guerrero, Hidalgo, Jalisco, Michoacán, Morelos, Nayarit, Nuevo León, Oaxaca, Puebla, Querétaro, Quintana Roo, San Luis Potosí, Sinaloa, Sonora, Tabasco, Tamaulipas, Tlaxcala, Veracruz, Yucatán y Zacatecas.